蝙蝠的監測研究常被忽略，或許由於蝙蝠的監測研究技術較不易為人所熟悉，以致被研究的機會不多。事實上，蝙蝠類動物在一保留（護）區內的生態角色相當重要而且特殊，不但種類多，可能超過嚙齒目動物，而且數量也不算稀少。加上蝙蝠類動物大多是食蟲性，因此在生態系的食物鏈與能量流轉之觀點，蝙蝠是不可忽視的監測對象。

蝙蝠是會飛行的動物，監測研究上之技術類似鳥類，但與鳥類不同的是蝙蝠乃屬於夜間飛翔，不易直接觀察。通常蝙蝠較不易被採獲，加上他們快速的飛翔能力及夜間活動，許多自然保護（留）區的調查常忽略對蝙蝠的普查工作。就台灣地區的蝙蝠而言，目前已知種類達32種之多，有不少種類生存於森林內，包括樹棲或天然洞穴裡，但多數的生態地位皆仍不太清楚。由於蝙蝠的型態、生理及行為方面的適應非常獨特，因此有關蝙蝠的監測研究也較不同於其他哺乳類動物。

通常蝙蝠的分佈狀況呈現嵌塊狀的不均勻型，加上蝙蝠常因每日或每季的活動而有不同的棲息場所，如繁殖、覓食、休息或冬眠等不同地點。有些種類會群聚成大量，有些種類則呈現單隻棲息。因此其真正族群密度之估算較不易得知。 在觀察蝙蝠時,或接進入蝙蝠棲息地時,務必把握不輕易干擾驚嚇蝙蝠之原則,切勿大聲喧鬧以及直接捕捉蝙蝠。