1.徒手捕捉此法僅限於機會式，尤其當蝙蝠在冬眠時刻，進入其棲所，而牠未醒方可。此外，當蝙蝠受傷或其他因素不能飛行時亦可採用。此方法之缺點包括
(1)冬眠期的驚醒可能會令牠消耗額外的能量，甚至在過冬期死亡；
(2)某些種類的蝙蝠可能因為被抓或被打擾而放棄原棲息所，另尋棲息所。通常原棲息所都優於後來所找到的，將影響蝙蝠的存活。
2.廣口的捕蟲網在狹窄的空間，或蝙蝠棲息處的出口可以進行這種方式的捕捉，對於正在飛行的蝙蝠從背後突襲，或是觀察蝙蝠飛行軌跡，尋軌跡突襲捕捉，且避免揮擊傷害到蝙蝠個體。
3.霧網霧網是日本人從原先用來捕捉鳥類的鳥網發展出來的。其基本操作包括下列：
(1)霧網應於天黑之前架設好，因為日落後2-3小時通常為蝙蝠活動高峰。但是要等到看到蝙蝠飛行或天完全黑了才將網目放下，以免捉到鳥類。
(2)如果可以，網最好架設在蝙蝠喜歡來回飛的路上，且與通道垂直。
(3)在空曠的地方，單一張網沒有標準的方位；但多張網就可組成不同的角度，比較常用的是V型、L型及三角形。
(4)網要經常檢查，至少15分鐘檢查一次；上網的蝙蝠要儘快移走，避免網袋混淆、纏結或被蝙蝠咬破而逃跑。
3.陷阱或捕捉器曾有國外學者開發用來替代霧網的豎琴捕捉器（harp trap）。此種捕捉器與霧網相較各有利弊。
豎琴捕捉器(1)不需經常檢視；(2)蝙蝠密度高時，不用屢屢降網獲取蝙蝠；(3)高度及擺設位置較霧網有限。
